回答
ご相談者様が、有給を使用できることを、これまで従業員に伝えていなかったというのであれば、
現時点で入社から何日付与されているべきかを計算して付与する必要があります。
有給休暇の取得権の有効期限は2年間なので、2年間だけ遡って計算すれば良いでしょう。
注意
年次有給休暇は、要件を満たせば、必ず労働者に取得権利が発生します。
そのため、事業主が付与するといったものではないというのが、正確な理解となります。
有給に関する規定
年次有給休暇付与に関する根拠規定は、労働基準法第39条(年次有給休暇)です。
下記は、厚生労働省作成リーフレットからの抜粋です。「年次有給休暇の付与日数は法律で決まっています」
なお、事業主に、有給残日数を、従業員に通知する法的義務はありません。
そのため、これまで、従業員から有給に関する問い合わせ等がなかったのであれば、上記回答の通り、2年分遡って付与すれば良いでしょう。
しかし、これまでに有給に関する質問が従業員からあったにも関わらず、「我が社にはない」などといった誤った回答をして与えてこなかった場合は別です。
労使間で納得のいく解決が必要と思われます。
2年以上前の有給分を消化させる労働基準法上の法的義務はありませんが、従業員に対する丁寧な説明が必要です
場合によっては何らかの代償措置が必要となるかもしれません。