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回答
全ての会社での労働時間を合計し、割増賃金を計算します。
原則として、雇用契約を後に結んだ会社に割増賃金を支払う義務があります。
しかし、先に雇用契約を結んだ企業であっても、自社での就業終了後に副業・兼業を行うことを認識しながら自社の所定労働時間を超えて就業させる場合があります。
この場合、先に雇用契約を結んだ企業にも所定労働時間（法定労働時間でない）を越えた時間に対して割増賃金支払義務が発生します。
所定労働時間・・・契約で定められた労働時間。法定労働時間(1日８時間、週40時間)の範囲内で、会社ごとに自由に設定ができる。
法定労働時間・・・労働基準法32条で定められた労働時間。1日８時間、週４０時間。これを越えて労働者を働かせる場合は、３６協定を結び残業代を支払わなければいけません。
注意
個人事業で副業を行なっている時間は労働時間には該当しません（労働時間はあくまで雇用契約を結んだ雇用主の管理下で働く時間です）。
そのため副業が個人自業の場合は労働時間と残業代の問題は発生しません。
解説
関連法令
労働基準法第38条（時間計算）
労働時間は、事業場を異にする場合においても、労働時間に関する規定の適用については通算する。
なぜ雇用契約を後に結んだ会社が残業代を支払うのか？
後に雇用契約を結んだ会社は、契約締結時に、「当該労働者が他社で就業していることを確認して契約を締結するべきである」というのが理由です。
したがって、副業先のアルバイトが３時間勤務であったとしても、本業の会社で７時間勤務している場合は、下記のようになります。
３時間＋７時間−８時間（法定労働時間）＝２時間 ＊この時間分は、副業先の会社が支払うべき割増賃金です。
ただし上記回答で示したとおり、本業の会社の所定労働時間が7時間で、本業勤務終了後に副業する予定の労働者に8時間勤務を行わせた場合は、下記のようになります。
８時間（実労働時間）ー７時間（所定労働時間）＝１時間 ＊この時間分は、本業の会社が支払うべき割増賃金です。
法定労働時間を超える勤務でなくても、本業の会社は1時間分の残業代の支払いが必要となるため注意が必要です。